O POP tem por principal função acessar a caixa de entrada da conta configurada e efetuar o download das mensagens para o ambiente local (seu computador, smartphone ou outro dispositivo). Como mencionado, o POP somente acessa a pasta de Entrada das mensagens, caso existam outras pastas de email que você tenha criado elas ficarão indisponíveis.

Assim que as mensagens são baixadas para o seu dispositivo, elas são, por padrão, excluídas do servidor de e-mail, o que pode gerar um futuro problema caso venha a formatar sua máquina, por exemplo, onde não existirá backup das mensagens.
Há a possibilidade de configurar, via software, a opção de não remover mensagens do servidor, mas o seu uso não é garantido.

Assim que acessar sua conta de e-mail, as mensagens serão baixadas e serão excluídas do servidor, o que faz com que somente você possa ter essa conta configurada. Caso queira ter a conta em vários dispositivos diferentes, definitivamente o POP não seria uma boa opção como protocolo de recebimento.
Além disso, como o POP é limitado a visualizar somente a caixa de entrada, as mensagens enviadas ficam numa pasta local em seu dispositivo.
Indicação de uso: POP é indicado nos casos em que precisa fazer backup do conteúdo da sua conta de e-mail.